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战争已开始就向着历史的反方向发展，历史上南美太平洋战争初期，智利凭借两倍于秘玻联合舰队的海军，迅速封锁了秘鲁和玻利维亚的海岸。现在智利向英国订购的军舰还没下水，而拥有三艘铁甲舰的秘鲁反而快速部署封锁了智利的海岸线。
和海洋上相反的是陆地上的战争。智利军队在短暂的准备后轻而易举的攻入玻利维亚滨海省一连占领了安托法加斯塔和卡拉马两座大城市。玻利维亚军队毫无还手之力，和历史上一样玻利维亚的军队甚至还在使用长毛和弓弩，此役成为世界上最后一场使用弓弩作战的战争。作为盟友的秘鲁反而以军资器械未足为由拒绝出兵。曼努埃尔·帕尔多也有自己的考量，中国方面给他的提议是通过战争手段允许这个资本获得阿塔卡玛沙漠的硝石矿和鸟粪的开采权。但曼努埃尔·帕尔多却想吞掉整个阿塔卡马沙漠把它据为己有。
1874年三月三日，智利军队攻下了科比哈，并俘虏了龟缩港内的玻利维亚舰队，彻底控制了玻利维亚的滨海省。就在玻利维亚政府恼怒秘鲁无视同盟协议时秘鲁政府却向玻利维亚提出了购买阿塔卡马地区，玻利维亚彻底感到自己被出卖了。但现在已经丢了滨海省的玻利维亚此时难以继续将战争继续下去了。三月十九日，玻利维亚以50万英镑的价格将滨海省出售给了秘鲁，并宣布退出战争。
一时间智利国内士气大振，然而智利陆军战果赫赫海军却传来噩耗。
五月二日，智利海军司令威廉姆斯率领智利舰队出海与秘鲁海军决战，其实威廉姆斯的本意是继续龟缩保存实力毕竟智利海军的实力现在还不是秘鲁的对手。可惜智利议会看到陆军大胜后自信心爆棚强令海军出战。
1874年五月四日，清晨。智利舰队抵达秘鲁要塞伊基克外海。此时的伊基克聚集了大量准备南下的秘鲁军队和大量军火物资，而此时秘鲁舰队则出现在了智利舰队的母港外，正在智利的瓦尔帕莱索海域，瓦尔帕莱索城向东不到10公里就是智利首都圣地亚哥。
上午六时十一分，智利舰队用舰炮轰击伊基克要塞整整两个小时，虽说士兵们都在阵地上伤亡不大（中国教官的必练科目之一就是防炮洞）但城内至少有五处以上军械库被摧毁，在伊基克的六万秘鲁士兵的弹药基数下降了三分之二。也就是说在接下来一个月内这些士兵的只有十五个弹药基数可用（一个弹药基数是十发子弹两枚手雷）对接下的进攻将造成极大的阻碍。
而比他们早结束一个小时炮击的秘鲁舰队已经在返航的路上了，瓦尔帕莱索海岸的炮台齐备为了避免不必要的损失秘鲁舰队决定提起返航。智利舰队干完这一票就像是小偷得手一样十分开心又十分紧张威廉姆斯很小心的派出两艘陈旧的木制军舰——由奥图罗·普拉特舰长指挥的巡防舰“埃斯美拉达”号（esmeralda）和卡洛斯·孔德尔舰长指挥的纵帆船“科瓦东加”号（covadonga）搜索周围海域避免遇到秘鲁舰队的主力。
八时一分，两国舰队在科皮亚波港外海相遇了。此时的智利舰队拥有一艘中央炮房铁甲舰“海军上将科克伦”号，还有包括“布兰科·恩卡拉达”号在内的两艘巡洋舰，根据帝国海军部的划分这两艘巡洋舰属于无防护巡洋舰在综合性能上接近帝国的名将级。而秘鲁海军拥有三艘铁甲舰三艘中型巡洋舰（帝国海军部划分现阶段巡洋舰分大型中型和小型看排水量，秘鲁海军的巡洋舰排水量在2000吨以上算中型。帝国海军部的划分三型巡洋舰都有基本的水线装甲不像布兰科·恩卡拉达号无防护巡洋舰是真的不带一点装甲。）
1874年5月4日8点30分左右，“科瓦东加”号的嘹望哨首先发现秘鲁“胡阿斯卡”号和“独立”号，但由于海雾浓密，被误认为是友军舰队。4点45分“科瓦东加”号的水手辨认出两舰的身份，舰长卡洛斯·孔德尔随即下令对空鸣炮，通知后面的舰队。而此时和“科瓦东加”号要一起面对秘鲁舰队的是一艘木制军舰——由奥图罗·普拉特舰长指挥的巡防舰“埃斯美拉达”号和一艘运输舰“拉马尔”号（lamar）。
由于双方的实力差距悬殊，“埃斯美拉达”号舰长奥图罗·普拉特要求孔德尔紧随他的航线，将“科瓦东加”号、“埃斯美拉达”号进行汇合，奥图罗·普拉特下令运输船“拉马尔”号马上进入安托法加斯塔港。
8时15分，秘鲁铁甲舰向智利军舰进行第一次齐射，普拉特命令“埃斯美拉达”号开始机动，“科瓦东加”号紧跟其后。8点25分，秘鲁铁甲舰进行第二次齐射，“古铁雷斯号”的一发炮弹击中了“埃斯美拉达”号的右舷，穿过船体，炸死12人，重伤5人。
这时，运输船“拉马尔”号升起了美国国旗，向北开去，“科瓦东加”号上的孔德尔也改变航追随而去寻找主力舰队。米格尔·格劳命令“卡斯蒂亚”号巡洋舰前去堵住“科瓦东加”号和“拉马尔”号的逃路。“古铁雷斯”号上的米格尔·格劳决定留下来解决“埃斯美拉达”号。这时，普拉特知道自己完了，为了避免误伤海岸上的智利人，此时村民们正聚集在野外观战，“埃斯美拉达”号开足马力向西面的太平洋驶去。
9点2分，米格尔·格劳决定给予对手决定性的一击，命令铁甲舰“胡阿斯卡”号以舰首的撞角对准“埃斯美拉达”号的右舷，准备发起冲撞。而普拉特发现这是一个登上秘鲁军舰、在白刃格斗中压制敌方火力的契机。因此当两舰第一次冲撞时，普拉特举剑大吼：“alabordajemuchachos！”（西班牙语“跟我来，小伙子们！”）但只有普拉特和军士胡安·德·迪奥斯·阿尔迪亚（juandediosaldea）两人成功地跳上了秘鲁的铁甲舰。阿尔迪亚军士被敌方炮塔上的火力击中倒下，而普拉特直接冲向指挥塔，身中两枪，壮烈殉国。“埃斯美拉达”号上的剩余士兵们目睹了他们的指挥官光荣的牺牲，当米格尔·格劳再次试图撞击“埃斯美拉达”号的船首时，“埃斯美拉达”号的伊格纳西奥·塞拉诺（ignacioserrano）上尉再度高喊“准备跳帮！”他带着另外10名水兵跳上了“胡阿斯卡”号，但纷纷被格林炮以及炮塔内的火力击倒。
“胡阿斯卡”号的第三次撞击打进了“埃斯美拉达”号的中部，宣布了这艘老舰的死刑。因为高度不够，“埃斯美拉达”号上的智利水兵再也没有人能跳上“胡阿斯卡”号。“埃斯美拉达”号缓缓下沉。至9时50分完全沉入了海底。此次战役共造成135名智利水兵战死，62名落水的士兵在米格尔·格劳的命令下被营救上来。格劳对普拉特的阵亡表示了悲痛并向对手致敬，下令给俘虏们干衣服和食品。
另一方面“科瓦东加”号算是逃出升天成功与主力舰队汇合，“卡斯蒂亚”号巡洋舰发现智力主力舰队果断掉头。而此时的智利舰队司令胡安·威廉姆斯在收到埃斯美拉达号可能已经被击沉的消息后，一直在是否决战上犹豫不决。最后胡安·威廉姆斯还是决定先进入巴科达诺港休整毕竟舰队的弹药都不足了，怎么决战。